Специалист по молекулярной динамике

Российский стартап Ligand Pro ищет квалифицированных специалистов в области молекулярной динамики биомолекулярных систем типа белок-лиганд для работы над проектами, связанными ранними этапами разработки лекарств методами in silico.

Чем предстоит заниматься:

→ Собирать новые и использовать известные пайплайны для расчета комплексов (оптимальной взаимной ориентации, энергии связывания, и др.) белок-лиганд методами молекулярной динамики.
→ Осуществлять оптимизацию структуры активных малых молекул с целью увеличения их терапевтических свойств методами структурной биоинформатики и хемоинформатики (SBDD, LBDD, фармакофорные модели и т.д.).
→ Разрабатывать новые лекарственные средства de novo с использованием методов виртуального скрининга с последующей оптимизацией хитов.
→ Участвовать в подготовке публикаций в научных журналах и докладов на конференциях.

Какие необходимы навыки и знания:

→ Уверенное владение методом молекулярной динамики и его производными (приоритетны Funnel metadynamics, Alchemical transformations, Replica exchange simulations), знание принципов конструирования силовых полей для белков (AMBER, OPLS-AA) и малых молекул (GAFF2, OPLS4/5).
→ Опыт работы в пакетах GROMACS и/или Desmond и/или OpenMM, а также в сопутствующих программах, сервисах и библиотеках (PLUMED, CHARMM-GUI и др.), в т.ч. в программах визуализации.
→ Опыт работы с программами для моделирования белковых структур (AlphaFold, Boltz, I-TASSER) и молекулярного докинга (AutoDock, GNINA, GLIDE).
→ Навыки программирования на языке Python и работы в командной строке Unix.
→ Плюсом будут знания в области искусственного интеллекта в приложении к структурной биологии / хемоинформатике / разработке лекартсв, квантовой химии и навыки работы в соответствующих программных пакетах (ORCA, Gaussian, TeraChem и др.), знание языков программирования С++, C и CUDA.